По восшествии на престол молодого короля Фредерика Скотт стал его придворным астрологом. Он изучал алхимические тексты арабских авторов и сам написал два труда по этой теме — «Liber Luminis Luminum» и «Об алхимии». И Скотт, и его царственный ученик страстно интересовались природой жизни и часто экспериментировали с живыми растениями и животными, что в дальнейшем, без сомнения, укрепило репутацию Скотта как волшебника. Сэр Вальтер Скотт ссылается на него как на «волшебника из Болуэри» в своей «Песни последнего менестреля». Упоминает его и Данте в «Божественной комедии» («Ад», песнь XX, 115–117):

А следующий, этот худобокой,

Звался Микеле Скотто и большим

В волшебных плутнях почитался докой.

Когда на Сицилии разразилась чума, король Фредерик со свитой покинули двор и перебрались в Чефалу, что по дороге в Мессину и Катанию, а Скотт уплыл в Испанию, где около 1210 года присоединился к Толедской школе эзотерических исследований. То были остатки великой еврейской школы Кордовы X века, те немногие, кто выжил после изгнания евреев Абд-аль-Мумином около 1150 года и сожжения великой библиотеки халифа Хакима, насчитывавшей 400 000 томов. Известно почти наверняка, что во время своего пребывания в Толедо Скотт совершил паломничество в Кордову к могиле Аверроэса.

Около 1220 года король Фредерик и Майкл Скотт, его друг и наставник, вернулись на Сицилию. Как и великий Парацельс впоследствии, они весьма интересовались медициной и способами врачевания. В анонимной рукописи того времени говорится, что Скотт нашёл способы лечения проказы, подагры и водянки, а также написал два текста медицинской тематики — «О моче» и «Pillulae Magistri Michaelis Scoti».

Факты жизни Майкла Скотта со временем опутала паутина легенд, которые при буквальном восприятии кажутся полной фантастикой. При более близком изучении они, однако, наводят на мысль о возможности суфийского влияния.

Особенно интересна одна из них — она либо намекает на чисто суфийскую способность выходить за границы времени, либо свидетельствует о гипнотических талантах высочайшего уровня.

По преданию, это произошло в Палермо в ноябре 1220 года на приеме в честь годовщины коронации короля Фредерика. Пажи как раз обносили гостей кувшинами и чашами с ароматной водой для омовения рук и вышитыми полотенцами, когда в пиршественный зал вошли Скотт со спутником, оба в восточных нарядах. Погода была ужасно жаркая, и король попросил Скота вызвать дождь, чтобы как-то сбить жару. Скотт немедленно вызвал грозу и ливень, которые затем прекратились так же быстро, как и начались. Когда король спросил Скотта, какую награду тот желает получить, маг и астролог попросил позволить ему выбрать одного из присутствующих сеньоров в качестве своего защитника в битве против неких врагов. Выбрал он некого немецкого барона по имени Ульфо. Как показалось Ульфо, они немедля отправились в путь на двух судах и в сопровождении целого войска. Они поплыли на запад по Средиземному морю в неведомые края, не нанесённые на карты, пока не приплыли к некой земле, где их встретили весьма странные люди, которые присоединились к армии под командованием Ульфо. Во время успешной осады Ульфо убил местного короля, женился на его дочери и воссел на трон, а Скотт и его одетый по-восточному спутник тем временем отправились на поиски новых приключений. Ульфо и его жена счастливо прожили двадцать лет, растя детей в мире и согласии, пока в один прекрасный день не явился Скотт со спутником и не спросил, не желает ли Ульфо посетить родные пенаты. Тот согласился и внезапно обнаружил себя в пиршественном зале, где всё было точно так же, как перед его отъездом, Пажи всё ещё сновали среди гостей с чашами для воды. Скотт и его спутник исчезли, а Ульфо провёл остаток жизни, оплакивая потерю своих детей и прекрасной жены, с которой прожил двадцать лет.

История эта похожа на волшебную сказку из «Тысячи и одной ночи». Однако у неё есть кое-какие параллели с рассказами о невероятной способности суфиев играть с восприятием времени и пространства. Идрис Шах в своей «Восточной магии» рассказывает почти идентичную историю. Она повествует о том, как правителя Египта убеждают опустить голову в бочку с водой на глазах у придворных. Сделав это, он немедленно оказывается на берегу чужой земли, словно выброшенный туда после кораблекрушения. Поклявшись отомстить шейху Шахаб аль-Дину, волшебнику, ввергнувшему его в такую беду, правитель встречает местных жителей, которые отводят его в ближайший город и продают в рабство. Через несколько лет он получает свободу, женится и открывает собственное дело. В один прекрасный день, оказавшись на берегу моря, он решает искупаться, и, погрузившись под воду, в тот же миг оказывается в своём каирском дворце в окружении придворных.