Решительную реформу атомно-молекулярной теории произвёл итальянский учёный и революционер (за активное участие в революционных событиях 1848–1849 гг. неаполитанским королевским судом был заочно приговорён к смертной казни) Станислао Канниццаро (1826–1910). Он довёл до конца дело, начатое Марком Антуаном Годэном, Огюстом Лораном и Шарлем Фредериком Жераром по устранению противоречий между атомистическими представлениями Дальтона и молекулярными — Авогадро.

Прежде чем выступить с какими-либо позитивными предложениями, Канниццаро основательно изучил состояние атомно-молекулярной теории и положение в химии. В 1858 г. он опубликовал в основанном Пириа журнале статью «Краткое изложение курса химической философии», в которой обосновал метод Авогадро по определению относительных молекулярных весов и метод нахождения атомных весов металлов по величине атомных теплоёмкостей.

В том же году эта работа вышла отдельным изданием.

Громадное значение для всей судьбы атомно-молекулярной теории имело уточнение двух её кардинальных понятий — атома и молекулы.

Как уже было сказано, химики смешивали эти два понятия, что было, естественно, следствием не столько их злого умысла, сколько гипотетичности и атома, и молекулы. «Я, — писал Дальтон, — избрал слово атом для обозначения… первичных частиц… потому, что это слово кажется мне значительно более выразительным; оно включает в себя представление о неделимости, чего нет в других обозначениях». Иллюстрируя своё понимание атома, Дальтон приводил такой пример: «…я называю первичную частицу угольной кислоты сложным атомом. Однако хотя этот атом и может быть разделён, но, распадаясь при таком делении на уголь и кислоту, он перестаёт уже быть угольной кислотой».

Авогадро, напротив, оперировал такими понятиями, как «интегральная молекула», «сложная молекула» (в современном понимании это просто молекула) и «простая молекула», т. е. атом.

Сначала Ш.Жерар и О.Лоран, а затем Канниццаро положили конец этим кривотолкам. Они дали однозначное определение атомному весу и показали, что атом и молекула — разные понятия и что молекулы в одних случаях состоят из разнородных, а в других — из однородных атомов.

Через год после выхода книги Канниццаро немецкий учёный Август Кекуле обратился к своему коллеге Карлу Вельтцину с предложением организовать международный конгресс для достижения единства в химии и разрешения спорных проблем. Вельтцину идея понравилась, и он взял на себя обязанности организатора и устроителя конгресса. К этому был привлечён также Адольф Вюрц, согласившийся вести заседания и быть секретарём. В марте 1860 г. они собрались в Париже, отпечатали обращение ко всем выдающимся химикам. 45 учёных подписали это обращение, среди них значатся известные русские химики — Н.Н.Бекетов, Н.Н.Соколов и Н.Н.Зинин.

Конгресс открылся 3 сентября 1860 г. в Карлсруэ, где Вельтцин преподавал в Политехническом институте.

Участникам конгресса предстояло сделать выбор по тем вопросам, которые имели жизненно важное значение для развития химии в целом. В сущности, речь шла о том, быть ли ей на старых позициях или принять воззрения Авогадро, Жерара, открывавшие перед ней новые перспективы.

Сторонником первой точки зрения был французский академик, прославленный учёный Ж.Дюма. «Дюма… — писал Д.И.Менделеев, принимавший участие в конгрессе, — старался поставить пропасть между старым и новым, искусственно уладить дело об обозначениях, предлагая в неорганической химии оставить старое обозначение, а в органической — принять новые… При этом Дюма прекрасно характеризовал оба существующие направления. Одно, говорил он, представляет ясное последование за Лавуазье, Дальтоном и Берцелиусом. Исходная точка для учёных этого образа мыслей есть атом, неделимое простое тело; всё прочее есть сумма атомов, величина, производная от первой. Другая партия идёт по пути… Жерара; она берёт готовые тела и сравнивает их; она берёт частицы тела, отыскивает изменения и сличает их физические свойства. Первая партия всё сделала для минеральной химии, в органической она до сих пор бессильна, потому что здесь химия ещё немного может создать из элементов. Вторая партия, несомненно сильно двинувшая органическую химию, ничего не сделала для минеральной». Дюма, свидетельствует далее Менделеев, призывал и тех и других идти своей дорогой.

Сторонником другой точки зрения был Станислао Канниццаро. Его речь потрясла слушателей. «Я не могу… передать того воодушевления, той здравой энергии, вполне сложившегося убеждения, которые так могущественно действовали на слушателей», — отзывался о речи Канниццаро Менделеев.